26 апреля 1986 года в 1:24, в результате нарушений в проведении плановых работ, на 4-ом энергоблоке Чернобыльской АЭС произошел взрыв реактора. Его мощность была настолько большой, что здание энергоблока разрушилось и большое количество радиоактивных материалов было выброшено в атмосферу. Заражению подверглись обширные территории Советского Союза и других стран. В радиусе 30 километров от станции была проведена тотальная эвакуация населения и образована зона отчуждения, отделённая от остального мира охраняемым периметром.
Однако, остальные энергоблоки ЧАЭС продолжали работать, что стало одной из причин создания комплекса секретных лабораторий с индексом «X»(икс). Группа учёных изучала гипотезу о ноосфере — информационной оболочке Земли. Ими был создан генератор излучения Кайманова, источник пси-излучения. С его помощью был проведён эксперимент по воздействию на объект, расположенный в другом полушарии Земли. Сигнал был получен с искажением, будто кто-то его «подправил», исходя из этого, теория о разумности ноосферы стала рассматриваться серьёзно. Побочным результатом исследования стало открытие способностей живых существ генерировать направленное пси-излучение.

В лаборатории х16 был создан биологический излучатель (гигантский мозг). Проводилось облучение биологических образцов информационным полем разной интенсивности (тождественность пси- и информационного полей не указана) с последующими мутациями. В испытательных цехах проводились разработки новых видов вооружения, в частности «изделия № 62», более известного как Гаусс-пушка. После проведённых опытов, главной целью работ стала установка контроля над ноосферой. Появился проект «О-Сознание», его участники объединились в общую сеть, создав коллективный разум. Близ ЧАЭС были возведены Генераторы — специальные сооружения для попытки установки контроля над Ноосферой.

12 апреля 2006 года (в «Зове Припяти» названа дата 10 июня), в 14:33 эксперимент вышел из под контроля — произошёл прорыв Ноосферы в наш мир. Зона отчуждения осветилась нестерпимо ярким светом, на несколько мгновений установилась тишина, и было видно, как в небе испаряются облака. Потом пришёл страшный грохот, содрогнулась земля. Энергия ноосферы практически беспрепятственно полилась на Землю, изменяя физические законы. Уже через сутки правительственные войска полностью оцепили Зону по периметру, однако внутри периметра осталось еще много людей. Спасательные операции не представлялись возможными из-за высокой аномальной активности. Через некоторое время размеры Зоны скачкообразно увеличились на несколько километров, поглотив военные части.

2007—2008 годы. Зона продолжает расти. Причина катастрофы так и не установлена. Погибших и пропавших без вести людей всё больше. Редкие научные экспедиции заканчиваются неудачами, немногие выжившие рассказывают о фантастических аномальных образованиях и мутировавших видах живых существ, обладающих удивительными способностями.

2009 год. На территории Зоны по разным оценкам присутствуют от одной до трёх сотен «неучтённых лиц», называющих себя «сталкерами». Они занимаются поиском так называемых артефактов — аномальных образований с определёнными свойствами, имеющих высокую цену. Многие сталкеры начинают объединяться в группы, создавая основу для крупных сталкерских кланов.

2010 год. Вслед за сталкерами-одиночками за исследование Зоны принимаются учёные. Организуются экспедиции, появляются мобильные лаборатории внутри Периметра. Несмотря на военный контроль, сталкерство принимает всё больший размах. Ряды сталкеров пополняют люди уклоняющиеся от закона, любители лёгкой наживы, представители преступного мира, а также бывшие военные. Центр Зоны всё ещё остаётся недостижимой целью, путь закрывает Выжигатель мозгов — неизвестное пока явление, действие которого распространяется по большей части на лес севернее Армейских складов, попав в который, человек либо умирает, либо сходит с ума, превращаясь в зомби. Позже выясняется, что на самом деле Выжигатель — экспериментальный излучатель Кайманова, который члены О-сознания переоборудовали в мощнейший источник пси-поля, тем самым создав систему защиты от проникновения в центр Зоны. Известный путь туда охраняют военные, сдерживая волны мутантов. Этот последний рубеж получил название Барьер. Однако каждый сталкер мечтает беспрепятственно пройти за него, ходят слухи о нетронутых территориях — «Клондайке» артефактов, появляются легенды об Исполнителе желаний — кристалле внеземного происхождения, находящегося на ЧАЭС и якобы ставшего причиной образовании Зоны.
2011 год.Доступная часть Зоны исследована почти полностью. Сталкерство достигло своего пика, сформировались сталкерские группировки. Самые крупные из них — «Долг», сформированный из бывших военных и добровольцев, «Свобода», состоящая из сталкеров-анархистов — начинают противоборство за влияние в Зоне. Свои интересы проявляют и военные, охраняющие периметр, бандиты, зарабатывающие на ограблениях сталкеров, а также иностранные государства в лице наёмников. На Свалке в кучах радиоактивного мусора сталкеры стали находить много полезного оборудования, формируются группы диггеров. Через местных торговцев осуществляется сбыт артефактов и поставки оружия. В результате возникает напряжённость, грозящая вылиться в крупномасштабные боевые действия.
В конце августа 2011 года группа сталкеров во главе со Стрелком проникает к блокам ЧАЭС, в результате случается сверхвыброс, послуживший «спусковым крючком» для начала войны группировок. Он изменил облик Зоны: обширные аномальные поля закрыли доступ на некоторые территории, заперев находящихся там людей, другие, ранее неизвестные, наоборот, открылись. Одним из таких мест стал город Лиманск, за который сразу начали бороться «Долг» и «Свобода». Примерно в это же время бандиты-ренегаты захватывают мост, ведущий в Лиманск, блокируя единственный путь. Город на время становится недоступен. Группировка Долг на своей базе в НИИ Агропром подверглась атаке мутантов из подземелий и перестала уделять внимание усилению бандитов. В Темной долине группировка Свобода также стала объектом нападений, на её членов охотились наёмники.

Воспользовавшись проблемами Долга, бандиты, поставив своей целью осуществить полный контроль над потоком артефактов к периметру, прочно обосновались на Свалке, своеобразном перекрестке дорог, и пожелали свою долю в промысле диггеров. Вытесненные со Свалки одиночки стали концентрироваться на Кордоне, где держался нейтралитет с военными, пока их командир не решил заключить сделку с паханами бандитов. В результате одиночки вступили в конфликт и с ними, взяв командира в плен.

Для предотвращения попыток проникновения «О-Сознание» вербует путём зомбирования группировку «Монолит», выступавшую за неприкосновенность Зоны и верящую в божественную сущность Исполнителя желаний — Монолита. Незадолго до сверхвыброса КПК членов группировки разом выключаются, а сами они неожиданно покидают свою базу и направляются за Выжигатель.

Во время сверхвыброса военные на Армейских складах понесли большие потери, а через некоторое время со стороны Выжигателя стали приходить агрессивно настроенные отряды группировки Монолит, что ещё больше осложнило защиту Барьера. Оставшиеся военные были вынуждены отступить на базу, а защитой Барьера занялись сталкеры. Почти сразу армейской базой заинтересовалась Свобода, захотевшая иметь стратегически важное положение, близкое к центру Зоны, и, несмотря на проблемы, направила туда свои отряды. Таким образом, силы группировки оказались разрозненными.
Вместе с территориями, проход к которым открылся после сверхвыброса, открылись и проходы на болота. Выяснилось, что всё это время на них обитала неизвестная ранее группировка, занимающаяся изучением Зоны. Её члены носили небесно-синий камуфляж и называли себя «Чистое Небо». Возглавляли группировку учёные: Лебедев Н. А., Каланча Е. Ф., Суслов В. И., участвовавшие в проектах «О-Сознания». Они пытаются выяснить причину сверхвыброса и используют при этом спасённого наёмника Шрама. Лебедев выдвигает версию, что случившееся является результатом проникновения неких лиц к центру Зоны, а главной целью становится предотвратить возможный повторный случай любыми способами. По воле случая, из КПК Клыка становится известно про Стрелка, и Шраму было приказано ликвидировать его, наёмник преследует сталкера, но тому удаётся скрыться. Тогда Лебедев решает всей группировкой следовать к ЧАЭС через Лиманск. «Чистое Небо» с боями прорывается к станции, где уже находится Стрелок. Шраму удаётся отключить его пси-защиту, но ожидаемое не достигнуто. Происходит новый мощный выброс, положивший конец войне группировок.

«Чистое Небо» было почти полностью уничтожено, немногие оставшиеся в живых были подвергнуты вербовке по программе «S.T.A.L.K.E.R.», другие разбрелись по зоне. Согласно программе, агентам «стирают» память и подвергают визуальному зомбированию (через мониторы), внушая конкретную задачу, а затем отправляют ближе к границе Зоны на грузовых автомобилях, чей радиационный фон во много раз превышал допустимый, и ни один из агентов не выживал. Сталкеры, часто натыкавшиеся на них, назвали их Грузовиками смерти. Стрелок также подвергается зомбированию, на его руке делается татуировка «S.T.A.L.K.E.R.», и он вместе с остальными агентами отправляется к Периметру. Не предполагая кто он, ему оставляют задание на КПК: «Убить Стрелка».
2012 год.Зона пришла в относительное спокойствие, война группировок закончилась, множество сталкеров погибло после очередного катаклизма. Группировка Долг оставила свои позиции на Агропроме и вернулась на завод Росток, где руководил генерал Воронин. Под охраной группировки сталкеры могли спокойно отдохнуть и купить снаряжения в местном баре 100 Рентген. Это место стало крупным центром сталкерства. Бывшую базу Долга в НИИ вскоре заняли высадившиеся в поисках важных документов военные. Они давно готовились ко крупномасштабной операции по прорыву к центру Зоны и уничтожению причин её возникновения. Их поиски приносят результат: появляются сведения о секретных лабораториях...